自然保護(hù)區(qū)維管束植物183科793屬2233種，中國特有屬分布較豐富，達(dá)39屬之多，占種子植物707屬的5.5%；種子植物在湖南的新分布種十分豐富，達(dá)50余種；自1978年至2004年植物學(xué)家在紫云山、舜皇山及其周邊地區(qū)發(fā)現(xiàn)的植物新種新變種共29種。野生珍稀植物資源豐富，其中國家Ⅰ級保護(hù)野生植物6種：銀杉、資源冷杉、伯樂樹、南方紅豆杉、紅豆杉、銀杏。國家Ⅱ級保護(hù)野生植物21種：金毛狗、篦子三尖杉、華南五針?biāo)?、香榧、連香樹、長柄雙花木、半楓荷、香樟、閩楠、花櫚木、野大豆、鵝掌楸、峨眉含笑、水青樹、紅椿、旱蓮木、金蕎麥、香果樹、傘花木、櫸樹、二回原始蓮座蕨。按國家環(huán)保局、中科院植物所1987年規(guī)定的《中國珍稀瀕危保護(hù)植物名錄》中的保護(hù)野生植物，湖南舜皇山自然保護(hù)區(qū)內(nèi)分布有18種(國家重點(diǎn)保護(hù)野生植物名錄中已列出的植物，在此不再重復(fù))：獨(dú)花蘭、金剛大、銀鐘花、青檀、銀鵲樹、穗花杉、沉水樟、黃連、華榛、八角蓮、天麻、天女花、紅花木蓮、樂東擬單性木蘭、白辛樹、木瓜紅、鐵杉、長苞鐵杉。
銀杉、長苞鐵杉、南方紅豆杉、華南五針?biāo)?、香榧、伯樂樹、水青樹、香果樹、銀鵲樹等許多種形成優(yōu)勢群落，個體數(shù)量之多，是其他地方少有的。而且，保護(hù)樹種胸徑超過1m的古木大樹有：水青樹、伯樂樹、南方紅豆杉、香榧、紅椿、華南五針?biāo)?、銀杏等。特別是本次在湖南舜皇山自然保護(hù)區(qū)的紫云山五里亭路旁林緣林下采到了國家保護(hù)野生植物金剛大的標(biāo)本，該植物屬于百部科的一種小草本，高30cm左右，是一種陰性植物，為湖南省新記錄屬種。目前在自然保護(hù)區(qū)僅發(fā)現(xiàn)這個分布點(diǎn)，非常稀少。
銀杉：是我國特有的松柏類單型屬植物，著名的第三紀(jì)孑遺植物。被公認(rèn)為是當(dāng)今世界珍貴的植物之一，被列為國家Ⅰ級保護(hù)野生植物，有"植物大熊貓"之稱。湖南舜皇山自然保護(hù)區(qū)的銀杉林是1979年10月發(fā)現(xiàn)，表現(xiàn)為銀杉與長苞鐵杉的混生群落，這是我國(世界)繼四川南川、廣西花坪之后第三次發(fā)現(xiàn)銀杉，該區(qū)域銀杉林屬世界現(xiàn)存林相最整齊、混生樹種最獨(dú)特、分布海拔最低的銀杉群。根據(jù)我們此次對銀杉林的調(diào)查，林分內(nèi)共58株，樹齡53-253年不等，平均約183年，平均樹高9.6m，平均胸徑22.58cm，有42.35%居上層林冠，這比1982年的居上層林冠少3.90%。其余的也都在上層之下或下層內(nèi)。
自然保護(hù)區(qū)蘭科植物有22屬50種，其中地生蘭37種，附生蘭10種，腐生蘭3種。大黃花蝦脊蘭是一個典型的大陸和島嶼間斷分布種，在臺灣北部(臺北和新竹)和日本(琉球群島)有分布，中國大陸到目前為止僅在湖南舜皇山自然保護(hù)區(qū)發(fā)現(xiàn)有分布。春蘭是“國蘭”中的代表種類，廣布于我國亞熱帶地區(qū)的18個省和直轄市，栽培與觀賞歷史最為悠久，是最早受“國蘭熱”熱潮沖擊的種類。18個省和直轄市的野生春蘭資源都遭受不同程度的影響，幸運(yùn)的是在舜皇山個別地方的春蘭仍然處于一種原生狀態(tài)。在舜皇山發(fā)現(xiàn)霍山石斛無疑是該種在湖南分布的新記錄，并為該種的保育工作提供了新的種質(zhì)資源和生境資源。
資源冷杉:資源冷杉散生在舜皇山、大云山海拔1600m以上的闊葉林中，居上層林冠，如鶴立雞群。主要混生樹種有亮葉水青岡Fanus lucida、包石櫟Lithocarpus cleistocarpus、紅花木蓮Maglietia insignis、大苞木荷Schima grandiperulata、水青樹Tetracentron sinense、紅皮紫莖Stewartia rubiginosa、檫樹Sassafras tzumu等。1979年首次在舜皇山原始林腹地發(fā)現(xiàn)資源冷杉時，在舜皇山、大云山兩地約1000 公頃的闊葉林中散生約100余株，有單株散生的，也有5～10株成團(tuán)狀分布的，占全球資源冷杉1929株的5%，是我國按IUCN瀕危等級標(biāo)準(zhǔn)，列為全球?yàn)l臨滅絕的14種現(xiàn)僅存1001—5000株的植物物種之一[2]。在發(fā)現(xiàn)后未建自然保護(hù)區(qū)之前，被廣西邊界村民盜伐了部分，后天旱等自然災(zāi)害枯死過半。目前保存活立木不足50株，已到極度瀕危狀況了。目前保存的植株結(jié)實(shí)稀少，天然更新能力極差，見不到幼樹、幼苗。很可能在近幾年或十幾年內(nèi)滅絕。
蘭科植物：
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